Desde el 10 de junio de 2020 el gobierno nacional, a través de la Superintendencia Nacional de Salud, Supersalud, intervino una vez más al Hospital San Francisco de Asís de Quibdó, luego de verificar en su interior deficiencias en la planeación presupuestal, desabastecimiento de insumos y medicamentos, y atraso en los pagos al talento humano en salud que allí labora.
Luego de más de cuatro años en manos del gobierno nacional, el hospital de Quibdó continúa en una grave crisis, con mora en el pago a empleados y proveedores. Ha empeorado tanto la situación que cada vez que llueve, asunto que en Quibdó ocurre todos los días, caen goteras y se inundan pasillos y salas.